تتوزع المكتبة على خمسة فروع وهي كما يلي:
- المكتبة الرئيسية في الحرم الجامعي أبو ديس.
- مكتبة البابطين في حرم كلية الأعمال والإقتصاد - بيت حنينا.
- مكتبة هند الحسيني في حرم كلية الآداب للبنات - الشيخ جراح.
- مكتبة الإعلام - رام الله.
- مكتبة القدس العامة - القدس - باب العامود - عقبة رصاص.
- مكتبة دورا - الخليل
تخدم مكتبات جامعة القدس ما يزيد عن 12700 طالب إضافة إلى 1200 موظف ومدرس إضافة للمجتمع المحلي.