تتوزع المكتبة على خمسة فروع وهي كما يلي:
-
المكتبة الرئيسية في الحرم الجامعي أبو ديس.
-
مكتبة البابطين في حرم كلية الأعمال والإقتصاد - بيت حنينا.
-
مكتبة هند الحسيني في حرم كلية الآداب للبنات - الشيخ جراح.
-
مكتبة الإعلام - رام الله.
-
مكتبة القدس العامة - القدس - باب العامود - عقبة رصاص.
تخدم مكتبات جامعة القدس ما يزيد عن 12500 طالب إضافة إلى 1200 موظف ومدرس إضافة للمجتمع المحلي.